Η ποιότητα και η ασφάλεια παραγωγής αποτελούν τα βασικότερα στοιχεία φιλοσοφίας στη λειτουργία της ΕΠΑΠ, η οποία τηρεί τις αρχές ορθής βιομηχανικής πρακτικής και τις αρχές του HACCP για την ασφάλεια και υγιεινή τροφίμων και ποτών.
Στο πλαίσιο διαχείρισης της ποιότητας και της ασφάλειας, πραγματοποιούνται από το αρμόδιο τμήμα:
α) ποιοτικός έλεγχος βιολογικών, χημικών και φυσικών κινδύνων, μέσω όλων των απαραίτητων μετρήσεων των προϊόντων, προκειμένου να διασφαλίζεται η εμφιάλωση σύμφωνα με τις προδιαγραφές του κάθε προϊόντος.
β) μικροβιολογικός έλεγχος μέσω εξετάσεων που διενεργούνται σε όλα τα στάδια παραγωγής (από το πρώτο στάδιο του νερού μέχρι το τελικό προϊόν).
Η εταιρεία είναι πιστοποιημένη από το Φορέα Πιστοποίησης Συστημάτων Διαχείρισης Lloyd’s, με τα πρότυπα: